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« Juste des choses stupides »: la logistique et le manque de tests ont entravé la recherche de la variante Omicron aux États-Unis

uneprès des scientifiques sud-africains alerté le monde La semaine dernière, pour la nouvelle variante Omicron du SRAS-CoV-2, des chercheurs ici aux États-Unis ont averti que la souche hautement mutée circulait déjà sur le sol américain. Ce n’était qu’une question de temps avant que quelqu’un le trouve.

Jeudi, les responsables de la santé ont signalé la deuxième infection à Omicron du pays, d’un homme du Minnesota qui a assisté à une conférence sur l’anime à New York quelques jours avant le début des symptômes. Notamment, il n’a pas voyagé à l’étranger, contrairement à premier cas – Résident californien récemment revenu d’Afrique du Sud – Ceci indique qu’une transmission locale s’est produite. Mais le moment de la découverte, beaucoup de personnes se demandent : « Pourquoi cela a-t-il pris si longtemps ? »

Selon les détails publiés par le ministère de la Santé du Minnesota, l’homme, basé dans le comté de Hennepin, qui abrite Minneapolis, la ville la plus peuplée de l’État, a développé des symptômes pour la première fois le 22 novembre. Un test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) a été réalisé le 24 novembre. La nouvelle d’Omicron est tombée le 25 novembre. Les responsables de la santé du Minnesota n’ont confirmé à partir des données de séquence que son infection était due à la variante Omicron qu’une semaine plus tard, dans la soirée du 1er décembre.

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En revanche, les agences de santé publique britanniques ont découvert les premiers cas de la nouvelle souche dans ce pays moins de 48 heures après que l’Afrique du Sud a sonné l’alarme.

« Bien que nous ayons augmenté le séquençage ces derniers mois, nous avons toujours un problème d’échantillonnage », a déclaré Eric Topol, fondateur et directeur du Scripps Research Translational Institute à La Jolla, en Californie, qui fait partie du SARS-CoV-2. les Centers for Disease Control and Prevention l’année dernière. Les États-Unis ne testent qu’un quart de ce qu’ils sont au Royaume-Uni, et il n’y a pas d’approche systématique pour tester les voyageurs et les personnes atteintes d’infections majeures. Il est donc peu probable que quelque chose de nouveau et d’effrayant tombe sur l’écouvillon, sans parler du séquenceur.

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Cela met les États-Unis dans une situation désavantageuse majeure, a déclaré Topol. « Tout revient au même sujet depuis le début de cette épidémie », a-t-il déclaré. « Nous n’avons pas d’unité dans ce pays, nous avons une balkanisation, enfin, tout. »

Les vacances de Thanksgiving ont peut-être contribué au ralentissement. Mais ce n’est pas toute l’histoire. Alors que les États-Unis ont considérablement augmenté leur effort global de séquençage du SRAS-CoV-2 au cours de la dernière année, les progrès ont été inégaux. Les centres urbains proches des grands centres universitaires ont tendance à être bien couverts, tandis que les zones rurales sont moins couvertes. Cela signifie que les services de santé publique dans de grandes parties du pays volent toujours à l’aveugle, même s’ils découvrent des moyens de hiérarchiser les échantillons Omicron suspects.

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« Les gens essaient de faire un effort concerté pour trier autant que possible, mais nous n’avons pas fait assez en tant que pays pour augmenter la capacité de séquençage depuis le début de la pandémie, et nous y sommes, et c’est à nouveau un problème », a déclaré Lynne Warmbrod, du Johns Hopkins Center for Health and Security, qui a co-écrit un rapport plus tôt cette année, décrivant à quoi devrait ressembler un programme national de surveillance efficace.

Même lorsque le patient vit dans une grande ville comme dans le cas du Minnesota, les défis logistiques peuvent ralentir le processus à un rythme effréné. Dans ce cas, il faut généralement de quatre à sept jours pour que les échantillons positifs soient emballés et expédiés vers une installation pouvant effectuer le séquençage, a déclaré à STAT Doug Schultz, porte-parole du ministère de la Santé du Minnesota. La séquence prend encore quatre à cinq jours. Avec toutes les phases de test, cela signifie que le génome qui sort du séquenceur provient généralement d’échantillons collectés il y a 10 à 14 jours.

« Nous avons construit toutes les vitesses possibles pour ce processus », a déclaré Schultz. « Il faut un certain temps pour collecter, emballer et transporter les échantillons cuits au four. »

Le Minnesota n’est pas seul. La nature brisée des soins de santé aux États-Unis signifie que lorsqu’une personne est analysée pour le SRAS-CoV-2 dans un hôpital ou une clinique, la majorité de ces échantillons sont envoyés à l’un des grands fournisseurs de tests privés comme LabCorp et Quest. Certains sous-ensembles de ces échantillons seront ensuite mis de côté pour être envoyés aux laboratoires de santé publique du comté ou de l’État, qui soit séquencent les leurs, soit envoient les échantillons à des laboratoires universitaires ou à d’autres partenaires industriels pour décoder les génomes du virus à l’intérieur.

« Dans un monde idéal, nous aurions un système de santé beaucoup plus solide qui serait davantage intégré à nos agences de santé publique afin que nous puissions effectuer des tests et du séquençage au sein du même réseau », a déclaré Wormbrod.

Tout cela pour remplir des formulaires et des déclarations peut prendre des jours à des semaines. La séquence elle-même peut être aussi rapide que 24 à 48 heures. C’est la logistique du transport des échantillons autour de ce véritable goulot d’étranglement.

« Ce sont vraiment des trucs idiots », a déclaré Amy Mathers, directrice associée de la microbiologie clinique à Virginia Health, dont l’équipe de laboratoire séquence des échantillons de coronavirus positifs en Virginie. Actuellement, ils reçoivent jusqu’à 300 échantillons par semaine, livrés en une ou deux fois par semaine par courrier du laboratoire de santé publique de l’État de Richmond. Et si le MoPH identifie des échantillons suspects en raison de l’historique de voyage ou des données de recherche de contacts, il les poussera au premier plan.

« Nous sommes beaucoup plus intégrés dans le système de santé qu’avant la pandémie », a déclaré Mathers. Mais les données qu’ils tirent du séquenceur ne reflètent pas les infections en temps réel. Il montre généralement ce qui a circulé dans l’état il y a 10 à 14 jours. Pour le moment, ils exécutent des échantillons à partir de la mi-novembre.

« Nous avons essayé et faisons toujours pression pour un système où les gens peuvent nous envoyer directement des échantillons positifs », a déclaré Mathers. Mais le problème était qu’il était difficile de trouver un moyen de les enregistrer dans le système de santé publique. Les modèles étaient trop déroutants pour les hôpitaux.

Son équipe n’a pas encore trouvé de cas de la variante Omicron, que ce soit dans leur base de données de séquences ou dans de nouveaux échantillons, y compris des échantillons prélevés sur des voyageurs et précipités en première ligne. Mathers a déclaré que son laboratoire séquence chaque échantillon qui montre des résultats positifs dans sa région.

Au cours de la vague de recrudescence delta-été, l’arriéré s’est encore étiré. Et à la fin, tout ce séquençage n’a pas aidé, a-t-elle déclaré. En septembre, son équipe a organisé plus de 1 000 échantillons. Chacun d’eux avait une variable delta. Mais maintenant, il est plus important que jamais de ranger chaque dernière fiole de virus dans l’État. « Avec l’émergence de ces nouvelles variantes, nous devons procéder à un échantillonnage intensif pour capturer le seul Omicron latent », a-t-elle déclaré. « Donc je sais que si quelqu’un venait à Charlottesville avec l’Omicron, nous le trouverions. Mais ce n’est pas pareil partout. »

Lors d’une conférence de presse mardi, la directrice du CDC, Rochelle Walinsky, a déclaré que les États-Unis préparaient actuellement environ 80 000 échantillons par semaine, parmi des laboratoires de santé publics, universitaires et privés. Mais il n’est pas clair quel pourcentage représente les fenêtres temporelles réelles de propagation du virus.

Ce ne sont pas des informations facilement disponibles, a déclaré à STAT par e-mail Kelly Wroblosky, directrice des maladies infectieuses de l’Association des laboratoires de santé publique. Elle a déclaré qu’il ne semblait pas y avoir de pression urgente et coordonnée de la part de tous les acteurs pour accélérer les choses. « La distribution du séquençage à tous les États et à de nombreuses juridictions locales est bénéfique de cette manière car elle rapproche le séquençage des patients », a-t-elle écrit.

Jusqu’à ce que la séquence géographique plus large soit disponible, il y a une autre étape que les scientifiques peuvent franchir maintenant. En raison de la constellation unique de mutations de l’omicron, il laisse un motif révélateur avec certains types de test PCR. Ces tests recherchent des extraits du génome du virus, y compris le gène S, qui code pour sa protéine barbelée. Dans certains tests, l’extrait du gène S d’Omicron n’apparaît pas – un phénomène appelé « fuite du gène S ». Si les scientifiques le voient, cela indique que le virus n’est probablement pas du type à circulation delta et pourrait être un omicron. En fait, c’est ainsi que les officiels de Californie et du Minnesota ont découvert leurs blessures.

Dans le cas de l’individu en Californie, après avoir été testé positif sur un site de test de la ville (à l’aide d’un test PCR qui n’a pas capturé la fuite du gène S), ses antécédents de voyage ont incité les autorités à envoyer l’échantillon au laboratoire de Charles Chiu, chercheur à l’Université de Californie à San Francisco, où son équipe a effectué un test de recherche. Ils ont signalé la fuite du gène S. En quelques heures, ils ont vu le signal et ont passé l’échantillon dans un séquenceur de gènes portable, qui fonctionne plus rapidement que les gros appareils généralement utilisé pour le séquençage de masse. Il leur a donné la confirmation plus tard dans la nuit.

Lorsqu’ils ont entendu parler de la variante Omicron, les responsables du Minnesota ont contacté l’un de leurs partenaires de laboratoire clinique dans le New Jersey, dont le test standard recherche déjà des fuites du gène S. Ils ont trouvé une poignée d’échantillons avec un motif suspect et les ont envoyés au Minnesota. pour le séquençage. Les échantillons sont arrivés mardi et il a fallu moins de 48 heures à l’équipe de l’État pour terminer l’analyse génétique et découvrir que l’un d’eux était la nouvelle variante.

Jeudi soir, des responsables du Colorado ont confirmé un cas supplémentaire d’Omicron chez une personne récemment revenue d’Afrique du Sud, et à New York, des responsables ont confirmé cinq cas, probablement dus à une transmission locale. Les scientifiques s’attendent à en savoir plus dans les jours et semaines à venir. « Nous sommes en retard pour la soirée Omicron, mais ils vont commencer à se présenter rapidement », a déclaré Topol. Mais sans améliorations, ces découvertes fourniront une image de la prévalence de la variable dans le passé – et une image incomplète à l’époque – pas où elle est aujourd’hui.